Todo o processo para efetuar o estorno de pagamentos no cartão de crédito para o seu cliente é feito diretamente no intermediador (Mercado Pago, PagSeguro, PayPal, etc) que foi feita a compra.

Acessando no seu painel do intermediador, basta localizar o valor da compra que deseja solicitar o estorno e realizar a solicitação do mesmo.

Dessa forma o seu cliente receberá o reembolso do valor no cartão.